L’IS Academy est une école pour la formation de pilotes d’Infinite Stratos, un système d’arme qui ne peut être utilisé que par les femmes. Les meilleures candidates en provenance de tous les pays du monde sont amenées à l’académie, c’est ainsi qu’un garçon nommé Ichika Orimura s’avère être « le seul homme au monde à pouvoir utiliser l’IS ».